دبیر شورای امنیت ملی ایران که سیاست های امنیتی نظام ایران را پیگیری و اجراء میکند، انتخاب کرد. او در زمانی رئیس شورای امنیت میشود که مهم ترین مشکل جهانی ایران که همانا برنامه نظامی و اتمی رژیم ایران است به وزارت خارجه منتقل شده است و تصمیم گیری های مهم برنامه اتمی همچنان توسط علی خامنه ایی رهبر نظام و فرماندهان سپاه اتخاذ میشود.
علی شمخانی در دروان خدمت خود در نظام ایران در پست های مهم و حساسی نظامی و امنیتی حضور داشته و مورد اعتماد شخص خامنه ایی است، او در عین حال از یک روابط دوستی با رفسنجانی و خاتمی نیز سود میبرد،، برای این افراد حفظ و قدرت نظام ایران از هر مسئله معیشتی و حقوق مردم مهم تر است.
دریادار شمخانی در دوران انتفاضه مردم عرب اقلیم اهواز در اپریل 2006 و سرکوب انان بدست نیروهای امنیتی و اطلاعتی ایران با وجود مراجعت مردم و شخصیت های اصلاح طلب عرب در اقلیم، برای توقف سرکوبها و اعدام ها حالت میانه و بی طرفی را اتخاذ کرد و دم به سکوت داد. معترضان و مخالفین عرب این اقدام شمخانی را تایید سرکوبها تلقی کردند و تا به امروز دریادار شمخانی که بعضی وقت ها به اقلیم مسافرت میکند و البسه عربی و محلی برای مقاصد خاصی را به تن میکند، هیچوقت یک زندانی عرب محکوم به اعدام و یا طویل المدت را که به نا حق محکوم شده اند، اقدامی برای نجات انان نکرده است.
همچنانکه در مورد توسعه اقلیم و رفع بیکاری کمر شکن در بین جوانان بومی و رفع حالت و نگاه امنیتی نظام به این مردم اقدامی انجام نداده است، اما بلطبع در این چند ساله سخنرانی هایی برای نظام و به مناسبت سالگرد جنگ کرده که اخرین ان در مسجدی در شهر اهواز بود که در ان به مانند رئیس جمهوری های فعلی و سابق و تمامی مسئولان نظام در تبلیغات سیاسی خود، اشاره کرد که توجه به حقوق اقوام و ملیتها نظام را قوی تر! میکند.
حال او دبیر شورای امنیت ملی رژیم ایران است و باید دید که چه تحولی در اقلیم عرب نشین اهواز رخ خواهد داد، ایا پاشنه بر همان درب خواهد چرخید و یا با تغییر چند مسئول، همچنان بیکاری و گرانی و جو امنیتی با رنگ و بوی جدیدی ادامه خواهد داشت، باید دید که چه سرنوشتی در انتظار صدها نفر زندانی سیاسی و دهها نفر اعدامی عرب ایرانی چه پیش خواهد امد، زیاد طول نخواهد کشید که چهره واقعی مشخص خواهد شد،، امروز 11 سپتامبر هم از اقلیم اهواز و بر حسب گزارش سازمان حقوق بشر اهواز خبر امد که صبح زود و به طور وحشیانه ایی 4 فعال فرهنگی و مدنی عرب دستگیر شدند.
العربیه مینویسد.
اما شمخانی بارها از سیاست های دولت مرکزی در نحوه تعامل با مسائل عرب در استان نفت خیز خوزستان انتقاد کرده است. از این رو برخی معتقدند که وجودش در ساختار قدرت می تواند فرصتی برای حد و مرز قائل شدن برای سیاست هایی باشد که عرب های ایران آن را به زیان خود می دانند . آن ها همچنین حضور شمخانی در قدرت را اگر چه بسیار محدود، اما فرصتی برای نمایندگی خود بر می شمرند.