در سال 1996 اولین همکاری علنی بین سپاه قدس و القاعده در سودان بوده است، در ان زمان رابط سپاه قدس سردار ذوالقدر بوده است که بعدها وقتی القاعده مقر خود را به افغانستان منتقل کرد، او مسئول کمیته ارتباط با القادعده بود است.
سپاه قدس و بیت رهبری برای ضربه زدن به نیروهای امریکایی و ایجاد تشنج در منطقه، و به طبع ان نظام ایران از این تشنجات بر کنار بماند، از القاعده در تمام منطقه خاورمیانه حمایت مالی و تسلیحاتی میکرد، بشرطی که از حمله به مرزهای ایران دوری کند و به دشمن مشترک انان یعنی امریکا در عراق و افغانستان حمله کند.
در هنگام استقرار قوای امریکائیان در عراق بارها اسنادی از همکاری ایران و القاعده کشف و برملاء شد، در جنگ افغانستان و به هنگام زخمی شده بن لادن، او در بلوچستان ایران مداوا شد و وقتی به افغانستان مراجعت کرد، سپاه قدس توسط گلوبدین حکمتیار رهبر حزب اسلامی افغانستان، که او هم با سپاه قدس در ارتباط بوده است، 2 بار دستگاه دیالیز برای بن لادن ارسال کرد.
پیرامون روابط ایران و رهبران گروه تروریستی القاعده، بویژه درباره تبادل اسیران میان دو طرف، بارها نوشته شده است، اما ظاهرا اسناد جدید فاش شده، این روابط را با دلیل ثابت می کند.
روزنامه فرامنطقه ای الشرق الاوسط، در آخرین شماره خود در 21 سپتامبر 2015، اسنادی از بن لادن را منتشر کرد که نشان می دهد رهبران القاعده و ایران در دهه نود میلادی، از روابط نزدیکی برخودار بودند.
اسنادی که پس از کشتن بن لادن در سال 2011 در ابوت آباد پاکستان، توسط آمریکا، ضبط شده است، نشان می دهد که عناصر القاعده، آزادانه در ایران به فعالیت می پرداختند.
بر اساس این اسناد، القاعده در سال 2006، به دنبال افتتاح یک دفتر در تهران بوده است، اما افزایش سرسام آور هزینه افتتاح چنین دفتری در آن دوره، مانع از انجام این کار شد.
روابط ایران و گروه القاعده، به دهه نود میلادی، یعنی در زمانی که این گروه تروریستی در سودان مستقر بودند، باز می گردد، چرا که در آن دوره، تهران و خرطوم از روابط خوبی برخودار بوده اند.
پول کریشنیک کارشناس آمریکایی، در گفت و گو با الشرق الاوسط اظهار داشت که بلوکه شدن اموال شش رهبر القاعده در ایران، توسط وزارت خزانه داری آمریکا، نشان می دهد که تهران عامل مهمی در تامین مالی القاعده در پاکستان و افغانستان است.
این اسناد نشان می دهد که به رغم روابط میان دو طرف، اما بن لادن که با ایران با احتیاط عمل می کرده است، به پیروانش نسبت به اینکه ایران احتمالا علیه گروهها پس از جذبشان جاسوسی کند، هشدار داده بود.
در نامه ای که بن لادن به همسرش نوشته بود، رهبر سابق القاعده پیش بینی کرده که ایران درباره خانواده اش، پس از ترک تهران، جاسوسی خواهد کرد، بنابر این به افراد خانواده خود توصیه کرده بود، همه چیز را پشت سر خود ترک کنند.