یکی از ارکان ان بود، را به خاطر می اورند، مجتبی قرار است که جانشین علی خامنه ایی رهبر ایران هم بشود، و بیت رهبری
تلاش فراوانی برای پذیرش او از جانب مجتهدین که در قم ساکن هستند انجام داد، اما کسی غیر از چند حقوق بگیر حکومتی حاضر به قبول این امر نشد،، در مورد دستگیری موسوی و کروبی فقط کافی است که گفته شود که قبل از دستگیری انان یک جلسه سری
از سردار نقدی،محسنی اژه ایی، احمد جنتی، و حسین طائب قاتل و مسئول کهریزک در بیت رهبری و با مشارکت مجتبی خامنه ایی بر پا شد که قرارات دستگیری و انتقال موسوی و کروبی در ان گرفته شد.
برخی منابع اصلاح طلبان ایران ، مجتبی خامنه ای فرزند آیت الله علی خامنه ای رهبر جمهوری اسلامی ایران را مسئول و عامل دستگیری میرحسین موسوی و مهدی کروبی دوتن از رهبران معترضان ایران می دانند. موسوی و کروبی به همراه همسرانشان از حدود دو هفته پیش توسط نیروهای امنیتی جمهوری اسلامی ایران در حبس خانگی قرار گرفتند که به گفته منابع معترضان پس از مدتی به زندان حشمیته تهران منتقل شدند. سایت ندای سبز در این باره گزارش داده است که روز شنبه 26-2-2011 یکی از مدرسان حوزه علمیه قم نگرانی برخی از اساتید حوزه را از پیامدهای بازداشت موسوی و کروبی به اطلاع حقانی و ملکان دو تن از مسولان برجسته دفتر رهبری در تهران و قم رسانده بود. بنا بر این گزارش مسولان دفتر رهبری در پاسخ به این نگرانی گفته اند: “پیش و بیش از شما جناب آقای لاریجانی رییس قوه قضاییه این نگرانی را به محضر آقا رساندند و ایشان فرمودند اشراف بر این پرونده و محاسبه پیامدهای سیاسی و امنیتی آن را آقا سیدمجتبی و کارشناسان مورد اعتماد بنده برعهده دارند و از این جهت جای نگرانی نیست.” صادق آملی لاریجانی رئیس قوه قضائیه ایران پیشتر گفته بود که برای محاکمه رهبران معترضان باید رهبر ایران دستور دهد. سایت “کلمه” نزدیک به میرحسین موسوی نیز دوشنبه در اشاره ای تلویحی به دست داشتن فرزند آیت الله خامنه ای در حصر و دستگیری رهبران معترضان نوشت: ” عوامل اصلی حصر اگر رسماً از رهبری دستور نگرفته باشند، قطعاً ریشه‌ای در بیت رهبری دارند. تنها جایی که می‌تواند فرمان آتش را به این همه افراد صادر کند، بیت رهبری است. مجتبی واحدی مشاور عالی مهدی کروبی نیز در مصاحبه های مختلفی بر دست داشتن مجتبی خامنه ای در دستگیری موسوی و کروبی تاکید کرده است. او در این باره گفته است که دستگیری آقایان موسوی و کروبی، بعد از کسب تکلیف صادق لاریجانی رئیس قوه قضائیه از رهبر جمهوری اسلامی ایران انجام شده است.